中国古代家犬线粒体全基因组研究 - {$web_name} 知情人透露内情组成状况
图1 （A）采集的古代样品分布状况；（B）单倍型A的几种亚型在中国、东南亚、太平洋岛屿上的年初今日粉丝应援，知情人透露内情组成状况；（C）以A2单倍型兴办的邻接法联网关系图，浙江田螺山的个体处于中心位置，代表A2单倍型的基础类群；（D）以单倍型A兴办的贝叶斯操控系统进化树A2单倍型若干；（E）贝叶斯种群增长图。（张明供图）
图2 红色区域代表了澳洲野犬、新几内亚歌唱犬和殖民时代之前的周末快速街拍图集，官方尚未回应太平洋家犬的或许起源地。（张明供图）
（神秘的地球uux.cn报导）据中国科学院古脊椎动物与古人类探究所：1月8日，中科院生物一区杂志《分子生物学与进化》（Molecular Biology and Evolution）在线发表了中国科学院古脊椎动物与古人类探究所古DNA评测室付巧妹探究员团队与中国科学院昆明动物探究所、陕西省考古探究院、浙江省文物考古探究所、兰州大学和四川大学等兴办达成的有关中国古代家犬线粒体全基因组的探究成果。探究结局表明，所获得的26例中国古代家犬线粒体基因组大多（18/26）归于A2单倍型，并且或许与现生的澳洲野犬及太平洋岛屿殖民时代之前的家犬直接有关。探究推测A2单倍型的家犬或许曾广泛分布于长江黄河流域并占据主导地位，后期研究到中国南方、东南亚、Tips对比新几内亚、澳大利亚及太平洋的岛屿上。
东亚南方是遗传学探究觉得的家犬或许的起源地，但是与考古学的证据相冲突。家犬的古代遗存在中国北方区域较为普遍，并且相对时间也较早，所以动物考古学探究更倾向于觉得家犬起源于中国北方，或者先是在中国北方呈现。中国南方区域或许是受到骨骼遗存保存条件的限制，察觉于浙江田螺山遗址距今约7,000年前，归于新石器时代较早期的健康养生消息遗址之一。这一遗址察觉的田螺山个体在联网结构图上处于所有A2单倍型个体的中心位置，及在操控系统进化树上处于所有A2单倍型个体的基部，说明这一个体或许与A2单倍型祖先群体有关。另外，含有A2单倍型在内，约7,000-2,000年前这一区域至少存在有4种隶属A单倍型的亚型，但是如今日常在这一区域的绝大多数家犬归于A1单倍型，这一区域的家犬或许在2,000年以来遭受了较大的种群替换，尤其是长江以北的区域。
中国是全球上最初的农业中心之一，在中国北方区域种植小米的历史至少可以追溯到8,000年前。探究察觉在约7,500年前家犬有一个显著的种群扩增，这与中国农业起源及人群数量扩张相吻合。这也暗示着A2支系的家犬或许迅速地随着农业人群的扩张到达全部长江黄河流域。A2支系的家犬在中国古代家犬样品中相当普遍，但是在2,000年以来被A1单倍群的个体众多替代。在或许替代事情发生之前，有一些A2类型的家犬已然顺利地向南研究到澳大利亚、太平洋岛屿以及向北研究到东西伯利亚的极地区域。殖民时代前的太平洋岛屿家犬或许从长江黄河流域起源，经东南亚大陆、印度尼西亚到太平洋深处的各异岛屿，这一支系的家犬或许随着前南岛语系人群和南岛语系人群一同研究。
本探究首次操控系统地开展了中国古代家犬线粒体全基因组的探究岗位。以后的探究还需要加入更多的东亚区域和相邻区域的古代样品的线粒体基因组和核基因组信息，尤其是东亚南部的样品，能够对家犬的遗传历史和研究路线有更明晰的结论。
本文的通讯作者为付巧妹、王国栋和胡松梅，第一作者为博士生张明。本探究得到全国重点开发打算、中科院战略性先导技术专项（B类）、全国自然科学基金、科学探索奖及霍华德休斯医学探究所的扶持。
原文链接：https://academic.oup.com/mbe/advance-article-abstract/doi/10.1093/molbev/msz311/5698279
有关报导：昆明动物探究所在家养动物高原适应遗传机制方面获得新进展
（神秘的地球uux.cn报导）据中国科学院昆明动物探究所（灵长类进化遗传与发育学科组）：中国青藏高原是全球上海拔最高的高原，被誉为地球的“第三极”，以低氧、低温、强紫外辐射等著称。伴随着人类的迁徙定居，一批家养动物也在这样恶劣的生存生态中世代繁衍，各自形成了独特鲜明的高原适应特征，为科学家确认生物对高原极端生态高效适应进化的遗传机制提供了丰富的素材。
中国科学院昆明动物探究所张亚平、吴东东探究团队运用大规模基因组学资料, 运用各类群体遗传学方法揭示了青藏高原家养动物(如藏獒、藏鸡、藏黄牛等) 的高原适应性遗传机制（Mol Biol Evol 2014；Mol Biol Evol 2015; Nature Genetics 2016；Cell Res 2017；Nat Ecol Evol 2018)，鉴定出一批以HIF缺氧诱导通路为代表的高原适应候选基因，揭示了基因交流在家养动物高原适应中的重大作用，为高原家养动物品种资源保护提供了重大信息。
近期，探究人员进一步综合较为确认了多个家养动物（含有藏獒、藏猪、藏绵羊、藏山羊、藏马、藏黄牛等）适应青藏高原遗传机制的个性和共性特征，察觉这些家养动物在基因水平发生显著的趋同进化，尤其是EPAS1基因，它是人类以及多个家养动物适应青藏高原的核心基因。另外，探究人员从这些高效进化基因中，鉴定出一个新的低氧通路基因C10orf67。
该成果此前以Convergent genomic signatures of high altitude adaptation among domestic mammals为题在线发表于National Science Review上（https://academic.oup.com/nsr/advance-article-abstract/doi/10.1093/nsr/nwz213/5681420），吴东东探究员为该论文第一作者，中国科学院昆明动物探究所张亚平探究员、陈勇彬探究员，以及云南农业大学苟潇教授，中国农业科学院马月辉探究员为共同通讯作者。本岗位得到中国科学院战略性先导专项和全国自然科学基金的扶持。